Jmol-操作介紹 [基礎篇]

於2019年拍攝於 愛丁堡

Jmol聲子振動的簡易操作流程。

聲明: 本流程是學習於 李明憲教授所著-計算材料 為個人紀錄方便日後複習所用。

取得軟體包

請先到Jmol網站上下載軟體包(檔案不大) Jmol官方網站 (本人操作14.14.1版本)

語言切換

Jmol有中文化界面，可以選擇使用中文語言 操作流程: 於中心黑色3D介面區右鍵點開了，倒數第二個可以看到語言，點入後選擇 zh-TW (繁體中文)

準備input file

請先於Material Studio內做好聲子計算(Phonon dispersion)，請先確認是否有(.phonon檔)

簡易的操作流程視頻

需要更改的參數內容

請於檔案路徑之後，";"分號之前，自行補上以下這句話

{2 2 2} SUPERCELL {2 2 1} filter "q=(0 0 0)"

前面項是以超晶包為基礎的整數倍做為調整 中間項(超晶包)是調整晶包內的大小 最後項是調整要觀看的q點位置

最後補上整個段落的內容做為例子提供給各

zap; load SYNC "E:/JMOL/JMOL/Jmol-14.14.1-binary/graphene CASTEP Energy/graphene_PhonDisp.phonon"{2 2 2} SUPERCELL {2 2 1} filter "q=(0 0 0)";if (true && _loadScript == '' && defaultLoadScript == '' && _filetype == 'Pdb') {if ({(protein or nucleic)&*/1.1} && {*/1.1}[1].groupindex != {*/1.1}[0].groupindex){select protein or nucleic;cartoons only;}if ({visible && cartoons > 0}){color structure}else{wireframe -0.1};if (!{visible}){spacefill 23%};select *}